1、治疗中枢神经系统疾病：包括肌张力障碍、帕金森病、脑卒中等；
2、治疗精神心理疾病：包括抑郁症、焦虑症、强迫症、创伤后应激综合征等；
3、治疗成瘾性疾病：包括烟草成瘾、酒精成瘾、药物成瘾等。
经颅磁刺激仪是将绝缘线圈放在头皮特定部位，控制线圈中的脉冲电流产生脉冲磁场，在康复科主要用于治疗脑卒中、脊髓损伤、肌纤维痛、外周神经损伤、运动功能障碍、吞咽障碍、失语等疾病，儿科应用于孤独症谱系障碍、脑瘫、多动症、癫痫等，疼痛科可以用于治疗三叉神经痛和带状疱疹后遗神经痛。
如果脑部病变不稳定，如脑出血急性期、脑肿瘤、颅内感染等，或者体内有金属，如起搏器、支架、弹簧圈、刺激器、人工耳蜗等禁用经颅磁治疗仪，如需使用应经过专业医生全面评估
